当前，使用大型癌症组进行肿瘤测序越来越常见。对于仅在肿瘤测序中鉴定的癌症易感基因致病性序列变体，还不清楚其是否为体细胞或构成(种系)起源。
关于在肿瘤测序数据上进行系统“种系聚焦分析”的程度以及进行种系样本的变体随访分析，存在广泛的差异。
研究者分析了来自17 152个癌症样本的配对测序数据，其中65个癌症易感基因中识别出1494个致病序列变体。
根据这些分析，欧洲肿瘤内科学会(ESMO)精确医学工作组种系亚组做出：
1.关于仅肿瘤测序数据的种系聚焦分析建议
2.种系随访测试的指征
3.指导患者给予信息和许可。
在仅肿瘤分析中观察到的癌症易感基因，其中相当大比例的致病变体具有种系来源，但该部分在基因之间高度可变。
实用的种系聚焦肿瘤分析，排除了低变异等位基因频率的变异，并且分析局限于特定基因，从而确保大多数高度可操作的种系变体被识别，但种系随访的变体数量具有一定要求。
肿瘤检测，通常包括癌基因特定热点突变的基因分型，但很少检测患者的种系状态。
近5年来，新一代测序(NGS)技术的进步、分子肿瘤学的发展、分子分层篮/伞测试的出现以及商业供应商的积极营销，推动了“大型”肿瘤测序组扩展数百个基因的编码区。
虽然配对肿瘤 - 种系分析可能在主要的学术癌症中心进行，但仅肿瘤分析已经成为典型的临床实践标准。
除了影响癌症管理和治疗，大型肿瘤组包含的大部分基因还赋予了癌症的遗传倾向，即所谓的癌症易感基因(CSGs)。
在CSG中识别出变体的子集是“致病性的”，如果存在于构成型DNA中，它们发展成一种或多种癌症的风险将大大提高。
检测到这样的变体时，不清楚它是否起源于构成体(即存在于所有或大多数组织中，包括种系)或者已经被体细胞捕获(即不在种系中但存在于肿瘤±周围组织中)，我们将其称为“肿瘤检测出的潜在种系起源的致病变体”或“肿瘤检测出的致病变体”。
欧洲肿瘤内科学会(ESMO)精确医学工作组(PMWG)发现该领域的临床实践已广泛不同，因而召集了一个专家组，以解决肿瘤检测致病变异体的种系管理问题。
建议：
1. 所有实验室应该进行种系聚焦肿瘤分析，作为大肿瘤组常规分析的组成部分。
2.可以通过自动化管道递送种系聚焦的肿瘤分析，从而不用增加人工，还能降低成本、减少分析延迟。
3.变体应该被标记为：(1)预测会通过功能丧失导致基因蛋白质截断(2)通过维护良好、综合性组织的临床资源分类(推荐ClinVar)，标记为致病/可能致病性被推荐。
4.种系聚焦肿瘤分析限于VAF> 30%(SNV)或> 20%(小插入/缺失)的变体，需要进行局部验证以确认肿瘤VAF估计的准确性，特别是对于基于PCR的NGS方法。
5.已知或怀疑高度突变的样本应进行种系聚焦肿瘤分析。
6.脱靶情况下的种系聚焦肿瘤分析应限于“高可动性-CSG”。
7.对于以种系为中心的肿瘤分析，应该包括隐性作用的“高可行性-CSG”(目前仅MUTYH)，但报告和种系随访测试应仅在检测到两种致病变异时进行。
8.“标准动作性”-CSGs的种系聚焦肿瘤分析应限于肿瘤内环境。
9.用于种系聚焦肿瘤分析的“标准可操作性”-CSG可限于高外显率的基因。
10.种系聚焦的肿瘤分析限于种系转换率> 10%的基因方案。因此，对于选定的基因，将种系聚焦的肿瘤分析仅限于年龄<30岁的肿瘤可能是合适的。
11.在启动患者种系测试之前，应由经验丰富的临床专家进行正式的变异审查和分类。
12.在分析致病变种的种系样本之前，应该向患者说明种系测试的相关信息，获取他们的同意许可。
13.应在有资质开展种系分析的实验室中，分析种系样品(淋巴细胞、唾液/口腔拭子、正常组织)的肿瘤致病变异。
14.检测到种系致病变异的患者应转至专门的遗传服务机构，进行长期随访和家属管理。
15.除非进行了稳健的剂量分析，否则正常/阴性肿瘤测序结果不应视为等于正常/阴性种系结果。这种区别对于诸如BRCA1和MSH2的基因特别重要，其中整个外显子缺失/重复构成了致病变体的实质比例。
16.应至少每两年对该工作流程、修订分析和建议更新进行再次评估。再分析应包括关于变异的致病性和CSG外显率的最新数据，以及“种系转换率”和VAF临界值阈值的审查。
参考文献：
D Mandelker, M Donoghue, S Talukdar, et al. Germline-focussed analysis of tumour-only sequencing: recommendations from the ESMO Precision Medicine Working Group,Annals of Oncology, Volume 30, Issue 8, August 2019, Pages 1221–1231,https://doi.org/10.1093/annonc/mdz136
